En 2004, l’Ouganda a invité la CPI à enquêter sur un conflit en cours sur son territoire depuis plusieurs décennie entre la LRA et le gouvernement. En 2005, la CPI a émis des mandats d’arrêt contre cinq des principaux membres de la LRA.

Le conflit en RDC est l’un des plus meurtriers depuis la Seconde guerre mondiale. Ouverte en 2004, la première enquête de la CPI s’est concentrée sur les chefs de plusieurs milices armées et sur des groupes rebelles soupçonnés de crimes contre l’humanité.

La situation en Libye a été renvoyée devant la CPI par le Conseil de sécurité de l’ONU en février 2011, pour crimes présumés contre l’humanité suite aux manifestations populaires de 2011. Les affaires de la CPI concernent Saif Kadhafi et Abdullah al-Senus

Après les élections de 2007 au Kenya, le pays a été le théâtre d’une violence généralisée qui a causé plus de 1 000 morts, 600 000 déplacés et des centaines de personnes victimes d’agressions sexuelles. En mars 2010, la CPI a ouvert une enquête.