La Fiscalía (Fiscalía) de la CPI abrió un examen preliminar en Colombia en junio de 2004. Ha considerado presuntos homicidios, desapariciones forzadas, encarcelamientos, torturas y otros crímenes graves cometidos tanto por el gobierno como por los grupos rebeldes desde noviembre de 2002 en adelante. En 2012, la Fiscalía encontró una base razonable para creer que el ejército colombiano, actores guerrilleros como las FARC y el Ejército de Liberación Nacional y grupos paramilitares habían cometido crímenes de lesa humanidad y crímenes de guerra.
Los acontecimientos en Colombia sugieren que el examen preliminar de la CPI podría motivar ciertas reformas a nivel nacional, como las investigaciones nacionales sobre crímenes que recaen bajo la jurisdicción de la CPI.
Colombia no cuenta con disposiciones legislativas específicas para la cooperación con la CPI pero cuenta con leyes sobre cooperación internacional en cuestiones penales. Por otro lado, Colombia ha ratificado el Acuerdo sobre los Privilegios e Inmunidades de la CPI para facilitar el trabajo del personal de la CPI y la AEP sobre el terreno.
En 2011, Colombia se convirtió en el primer país de Latinoamérica en firmar un acuerdo de cooperación voluntaria con la CPI sobre el cumplimiento de las sentencias de la CPI.
La Unidad para la Justicia y la Paz se estableció en 2005 junto a varios Tribunales de Justicia y Paz para enjuiciar miembros de grupos armados ilegales desmovilizados entre 2004 y 2006. Sus investigaciones y confesiones arrrojaron luz sobre la configuración de las estructuras paramilitares y las relaciones entre estos grupos, actores gubernamentales, personalidades de los negocios y otros actores.
Con la aprobación de nuevas leyes la Unidad para la Justicia y la Paz evolucionó sobre algunas de sus limitaciones, como la ausencia de coordinación entre las autoridades judiciales y administrativas, la incapacidad técnica, la falta de experiencia y la falta de registro de casos. Significativamente, una ley de 2014 permitió la sentencia de 2014 de los TJP en contra de Salvatore Mancuso y otros líderes paramilitares en 175 casos de violencia sexual en conflicto.
La Fiscalía General de la Nación también ha informado sobre investigaciones, juicios y condenas en varios casos de desplazamiento forzado en contra de líderes paramilitares, cientos de condenas a miembros de las fuerzas armadas nacionales por asesinatos extrajudiciales y numerosos casos, investigaciones, juicios y algunas condenas contra civiles o agentes del Estado que no eran miembros de las fuerzas públicas por crímenes relacionados con la promoción, apoyo o financiamiento de grupos ilegales.
En relación con los procedimientos vinculados con los "falsos positivos" la Fiscalía General de la Nación informó estar llevando adelante un total de 2.314 casos activos contra 10.949 miembros del ejército que involucran a 3.966 víctimas de muertes de “falsos positivos”. Hasta septiembre de 2020, se informa que 1.749 miembros del ejército fueron condenados.
Respecto a los procedimientos sobre crímenes sexuales y por motivos de género la JEP informó que a octubre de 2020 la Sala había acreditado 73 víctimas de violencia sexual en tres de los macro casos que abarcan violencia sexual y por motivos de género ante la Sala de Reconocimiento de Verdad.
Los miembros de la Coalición han promovido de manera activa la completa implementación del Estatuto de Roma en el transcurso del proceso de paz colombiano. La sociedad civil puso de manifiesto las deficiencias de la justicia transicional existente en el país a medidados del año 2000 y se convirtió en el autor central de una ley del año 2014 que incorpora definiciones más amplias de crímenes sexuales y basados en el género como crímenes de lesa humanidad, incluyendo embarazo forzado, esterilización y desnudez forzada.
La sociedad civil y la Fsicalía de la CPI han monitoreado el proceso de paz en Colombia para asegurar que, entre otras cuestiones, el hecho de que el acuerdo permita indultos políticos no socavedoes not undermine su prohibición of amnistía when pursuing justicia en casos de graves crímenes internacionales.
Luego del rechazo del acuerdo de paz en 2016, la sociedad civil pidió a todas las partes continuar con las negociaciones para evitar regresar a la guerra.
Postergación de la competencia sobre los crímenes de guerra en conflicto con el Estatuto de Roma
Colombia ratificó el Estatuto de Roma en 2002, pero fue uno de los únicos dos Estados en invocar la disposición transicional del Estatuto —el artículo 124, eliminado en 2015—que posterga la competencia de la CPI respecto de los crímenes de de guerra en Colombia o por ciudadanos colombianos. Varios miembros de la Coalición se opusieron fuertemente a la inclusión de la disposición ya que creían que esto podía debilitar el régimen jurisdiccional de la CPI y que era incompatible con el objetivo y el propósito del Estatuto.