Joseph Kony está acusado de 12 cargos de crímenes de lesa humanidad y 21 cargos de crímenes de guerra cometidos durante el levantamiento del ERS en el Norte de Uganda entre los años 2002 y 2004. Los cargos de crímenes de lesa humanidad incluyen asesinato, esclavización, esclavitud sexual, violación y actos inhumanos. Los cargos de crímenes de guerra incluyen tratos crueles de civiles, dirigir intencionalmente ataques contra poblaciones civiles, saqueos, inducir violación y reclutamiento de niños soldados.
Kony habría ordenado el levantamiento, dirigido ataques del ERS en regiones específicas y emitido amplias órdenes para matar poblaciones civiles, incluso aquellas que habitaban en los campos de desplazados internos.