En dépit de ses obligations en tant qu’Etat membre de la CPI, l’Afghanistan n’a pas mis à jour son code pénal de 1976 pour couvrir les crimes internationaux, ce qui a entravé les efforts au niveau local pour rendre justice aux victimes de violations des droits de l’Homme.
A la demande du gouvernement afghan, l’AIHRC a tracé « un plan d’action pour la paix, la réconciliation et la justice en Afghanistan » lancé par le président Hamid Karzai en 2006 pour instruire que la commission de crimes de guerre, de crimes contre l’humanité et de violations des droits de l’Homme « ne tombe pas sous le coup de l’amnistie au nom des principes sacrés de l’Islam et des normes internationalement adoptées ».
Contraire à ce plan d’action, la loi sur l’amnistie publique et la stabilité nationale de 2007 fait bénéficier d’une immunité juridique « tous les partis politiques et groupes belligérants qui se sont battus entre eux au cours des 25 dernières années », sans aucune limite temporelle à l’application de cette loi ou exception en cas de crimes internationaux.
Cette loi, considérée comme une violation du droit fondamental de réparation pour les victimes de violations des droits de l'Homme, a suscité une réaction véhémente des ONG nationales et internationales, de même que des préoccupations concernant la volonté de l'Afghanistan et sa capacité juridique à mettre fin à l’impunité.
Un seul membre de haut rang d'un groupe armé a été jugé en Afghanistan, pour des crimes commis en 1992-1993 avant l'adoption de la loi d'amnistie, mais aussi avant la compétence de la CPI. Le gouvernement n'a lancé qu'un nombre limité de procédures contre ses auteurs présumés, comme par exemple celle à l’encontre de deux fonctionnaires de la Direction nationale de la sécurité.
Les accusations d’abus de détenus par les forces américaines ont abouti à une condamnation - celle d’un ancien agent indépendant de l’Agence centrale de renseignements - et à la marge judiciaire de quelques dizaines de membres de l’armée. Dans la mesure où ces personnes ont été jugées responsables de cas isolés de cruauté envers les prisonniers afghans, la société civile a estimé que les Etats-Unis n’avaient pas réellement mené d’enquête.
En ce qui concerne le bombardement aérien d'un hôpital de Médecins Sans Frontières à Kunduz en octobre 2015 par les forces armées américaines, une enquête de l'OTAN a conclu que le bombardement résultait d'une erreur humaine. La seule conséquence a été la suspension des personnes les plus directement impliquées dans l'incident.
