En avril 2004, la RDC a invité le bureau du procureur de la CPI à enquêter sur les crimes présumés du Statut de Rome dans le contexte du conflit armé en cours sur son territoire. En juin 2004, après un rapide examen préliminaire, la première enquête de l’histoire de la CPI s’est ouverte. La CPI a principalement mis l’accent sur la région de l’Ituri et sur les provinces nord et sud de Kivu dans l’est du pays. Le bureau du procureur a déclaré que, bien que des crimes présumés aient eu lieu depuis les années 1990, la CPI ne pouvait pas se pencher sur les crimes commis avant le 1er juillet 2002, date de la création de la Cour et limite temporelle de sa juridiction. Depuis 2002, des rapports allèguent de viols, de tortures, de déplacements forcés et d’utilisation illégale d’enfants soldats.
Les chefs rebelles congolais Thomas Lubanga et Germain Katanga ont été les premiers suspects jamais condamnés par la CPI, alors qu’un troisième suspect, Mathieu Ngudjolo Chui, a été acquitté.
L’enquête de la CPI n’a pas donné lieu à des charges contre le gouvernement et les forces armées. L’absence d’affaires, ou d’explications publiques claires quant à la raison pour laquelle ils n’ont pas été poursuivis, a laissé trop de victimes sans justice et miné les représentations à l’égard de l’indépendance et de l’impartialité de la Cour, selon Human Rights Watch.